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日本公司注册证明文件主要包括以下几种。
1、营业执照：这是公司合法经营的凭证，需在公司注册完成后由日本法务局颁发。
2、公司印章证明书：证明公司所使用的印章是合法备案的。
3、公司成立合同书或股东会决议：证明公司成立的决议或合同已经得到批准。
4、公司章程：规定公司名称、业务内容、注册资本等事项的文书。
5、注册资本证明：证明公司已经按照章程规定出资的凭证。
6、公司地址证明：证明公司注册地址的合法性，这可以是租赁合同或其他相关文件。
7、公司银行账户证明：证明公司已经开设银行账户的凭证。
仅供参考，建议咨询日本的会计师或咨询公司来了解更详细的信息，具体的注册证明文件可能因公司类型、业务性质等因素而有所不同。